W 1512 r. rozpoczęto budowę nowego kościoła, już murowanego. Budowa odbyła się kosztem rodziny Herburt - ówczesnych właścicieli Nowego Miasta - i została ukończona w ciągu kilku lat, chociaż wyposażenie świątyni trwało długo.
Kościół zbudowano w stylu późnogotyckim, w którym szczególnie podkreślono przypory, murowanie układu krzyżowego, ostrołukowe okna i portale. Uzupełnieniem obronnego charakteru budowli były otaczające ją wały ziemne z ogrodzeniem.
Ołtarze świątynne zostały zainstalowane w XVII wieku: w 1602 r. pojawił się drewniany ołtarz główny, w 1606 r. - ołtarz św. Anny, w 1617 r. - ołtarz św. Stanisława. W 1610 r. w kościele umieszczono organy. Mniej więcej w tym samym czasie dobudowano do kościoła kaplicę Dobrynytskich. W połowie XVIII wieku został przebudowany w stylu renesansowym i ponownie konsekrowany.
W 1648 r. katolików Nowego Miasta spotkało nowe nieszczęście, kiedy to Kozacy Bohdana Chmielnickiego zniszczyli miasto i splądrowali kościół.
Polski Słownik Geograficzny odnotowuje, że pośrodku kościoła po lewej stronie muru przez długi czas znajdowały się ślady krwi, o czym w starożytnym rękopisie wyjaśnia: „Kiedy Kozacy z Chmielnickim na czele w 1648 r. najechali na miasto, duża część mieszkańców poszła do kościoła, inni chowali się na jego wieżach. Kozacy najechali i zabili tamtejszych mieszczan; rabując kościół i szukając bogactw, wyłamali drzwi na strych, a znajdując tam, prawdopodobnie, ludzi, zabili wszystkich. Dlatego krew zaczęła płynąć przez otwór w suficie i spływała po ścianie w ciągu kilku dni. Znak ten pozostał do 1725 roku, kiedy został zamalowany 6 razy, ale nie można go było zamalować»
W późniejszych czasach kościół był wielokrotnie przebudowywany. I tak na początku XVIII wieku ustawiono w nim nowe ołtarze boczne - św. Stanisława, św. Antoniego Paduańskiego, św. Krzyża i Różańca Świętego. W 1796 r. Ks. Józef Lisowski wyremontował na własny koszt okna i organy kościoła, a w latach 1796–1815 zastąpiono starą drewnianą dzwonnicę murowaną.
Pod koniec XIX wieku kościół przeszedł gruntowną renowację. Pierwszy etap trwał w latach 1874-1884, a środki na ten cel częściowo zapewniła rodzina cesarza austro-węgierskiego Franciszka Józefa. W tym czasie ponownie wyremontowano dach kościoła i pojawiła się na nim nowa sygnatura. Jednak dalsze naprawy zostały wstrzymane z powodu braku pieniędzy. Fundusze zostały zebrane w drodze loterii, na którą łaskawie zezwolił cesarz austriacki. Świątynia jest bogato zdobiona ikonami i rzeźbami.
Nowy etap restauracji miał miejsce w latach 1889-1890. Przebudowę kościoła, którą przeprowadził architekt Tomasz Priliński, przeprowadzono zgodnie z kanonami modnego wówczas neogotyku. Na elewacji zachodniej zamiast poprzedniego trójkątnego naczółka z XVIII wieku pojawił się pseudogotycki szczyt z zębami, a w oknach zamontowano witraże w stylu gotyckim. Z tego czasu pochodzą neogotyckie ołtarze, które stoją w kościele do dziś. W tym samym czasie wnętrze zostało otynkowane, a na południe od chórów dostawiono prostokątną salę.W takiej neogotyckiej formie świątynia przetrwała do naszych czasów. Sprzyjał temu fakt, że kościół dzięki swojemu wieloletniemu proboszczowi ks. Janu Szeteli, nie zostałazamknięta w czasach sowieckich. Parafia katolicka, obsługiwana przez księży diecezjalnych, istnieje do dziś w Nowym Mieście.