Krościenko to ostatnia stacja na linii, będąca jednocześnie stacją graniczną. Stacja posiada 3 tory główne, z których dwa znajdują się przy dwukrawędziowym peronie wyspowym. Istnieje też jeden tor boczny, prowadzący do magazynu i dosyć długiego placu ładunkowego. Ruch pociągów prowadzony jest przez trzy nastawnie: dysponującą w budynku dworca oraz wykonawcze, zlokalizowane na obu głowicach rozjazdowych. Ruch towarowy praktycznie się tutaj nie odbywa. Na stacji planowana była modernizacja urządzeń SRK - likwidacja semaforów kształtowych wraz z scentralizowaniem obsługi w obecnej nastawni "Kr1". Do realizacji tych planów jednak nie doszło.
Stacja czasowo wyłączona z eksploatacji. Nie została na razie oficjalnie zamknięta. Urządzenia trwają dobrze zabezpieczone. Raz na miesiąc dociera tu drezyna ISE Zagórz, w celu sprawdzenia czy linia jest kompletna i jeszcze przejezdna. Kolejowe przejście graniczne otwarto w maju 1994 roku.