Dworzec i teren stacji w Niżankowicach powstały w 1872 r. wraz z budową Pierwszej Węgiersko-Galicyjskiej Kolei, która prowadziła z Przemyśla do Chyrowa i dalej przez Przełęcz Łupkowską na Węgry.
Stacja została zbudowana 2,5 km od centrum miejscowości Niżankowice, na północnych obrzeżach miasta, które wówczas nosiło nazwę Posada Niżankowicka. Budynek stacji przetrwał dwie wojny światowe. Teraz wyremontowano jego elewację, dzięki czemu budynek dworca jest w dobrym stanie.
Przed nadejściem władzy radzieckiej przez stację Niżankowice przejeżdżało wiele pociągów pasażerskich i towarowych. Po ustanowieniu granicy polsko-radzieckiej (przebiega kilkaset metrów od stacji), stała się ostatnią na linii Chyrów - Niżankowice. Teraz kursują tu pociągi podmiejskie z Sambora; czasami odbywa się nieznaczny ruch towarowy.